L’église romane
du quartier d’abord appelée Sainte Marie du Châtel avant de devenir fut élevée au XII° siècle, peut-être sur l’emplacement d’une précédente et d’un ancien temple romain. Elle fut réparée après l’effondrement de sa voûte au XIV°. Elle possède des chapelles gothique et renaissance, dues à la générosité de familles influentes. On avait l’habitude de sonner les cloches pendant les orages dans l’espoir d’enrayer la foudre, c’est ainsi qu’en 1558, trois vignerons sonneurs de la paroisse furent foudroyés au cours d’un orage épouvantable.
La « Pierre de saint Valérien » devant une maison proche de l’église fut vénérée par les habitants du quartier jusqu’à ce qu’elle soit enlevée par les administrateurs de l’Hôtel-Dieu à qui elle avait été léguée avec la maison devant laquelle elle se trouvait.
Cette pierre tachée de rouge aurait été celle la même où fut supplicié le saint martyr. Le procès intenté au XVII° siècle à l’occasion de son enlèvement, ne permit pas sa conservation sur place. Elle fut transportée dans la chapelle de l’hôtel-Dieu d’où elle a disparu.
Le dernier curé de la Madeleine avant la Révolution, Nicolas Nicolas, prêtre assermenté, fut nommé curé de Tournus. Mais la pratique de la religion catholique étant supprimée, il habita ensuite dans une rue du castrum (voir rue la friperie). 
Sainte Agathe était implorée contre les incendies et les orages. Elle servait de patronne aux mères de famille et aux nourrices par allusion à son supplice qui avait consisté à lui couper les seins. Une confrérie regroupait les femmes de la paroisse jusqu’au début du XX° siècle où l’on offrait encore aux jeunes mariées des « petits pains de Sainte-Agathe » en forme de demi sphère, qu’elles gardaient avec leur couronne de mariage.
